種苗管理センターは、昭和６１年１２月に農林水産省の農蚕園芸局種苗課分室並びに馬鈴しょ原原種農場、さとうきび原原種農場及び茶原種農場を再編統合して本所のほか２分室、１３農場で設立されました。 こののち、筑波分室が本所へ移行し、現在は種苗管理センター全体の管理・運営を行う本部としての機能を果たしています。

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昭和２２年に馬鈴薯原原種農場の一つとして設立されましたが、昭和６１年の種苗管理センターへの組織再編の後は、センターが所掌するほとんどの業務を担う農場となっています。

現在、�@種苗生産業務として、ばれいしょ原原種の少量多品種生産と、無病化、急速増殖など新品種の立上げ、�A種苗検査業務として、北海道を対象とした指定種苗の集取等、�B遺伝資源業務として、種子の再増殖、�C調査研究業務として、ばれいしょの病害検定技術等の開発、�Dその他育成者権の権利侵害対策等を実施しています。

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後志分場は、昭和２２年に農林省後志馬鈴薯原原種農場として設立されて以来、一貫として健全無病なばれいしょ原原種の生産・配布を主業務として運営しています。

平成１８年４月には北海道中央農場に統合され北海道中央農場後志分場に改称しています。

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昭和２２年に無病健全な種いも生産を目的とする全国７カ所の農場の一つ「胆振馬鈴薯原原種農場」として設立されました。６１年１２月の再編統合 により農林水産省種苗管理センタ−発足によって種苗管理センタ−胆振農場と名称を改めました。

ばれいしょ原原種生産の拠点農場として、無病性の維持と品質向上を図りながら、約１万８千袋（20kg/袋）の生産・配布を行っています。

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北海道の東部、十勝平野のほぼ中央、帯広市内から南へ約２８�qの畑作・酪農地帯に位置し、「とかち帯広空港」に隣接した、防風林に囲まれた総面積２６６ヘクタールの農場です。

１９４７年(昭和２２年)「農林省十勝馬鈴薯原原種農場」として設立され、現在、「独立行政法人種苗管理センター十勝農場」に改称しました。 種ばれいしょ（原種・採種）生産の盛んな十勝地方に所在し、ばれいしょ原原種の生産・配布を最重点業務と位置付け、 主要な品種の大量生産を担い、当センター内では最大の種苗生産規模を以て業務を推進しています。

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本州最北端の青森県の東部に位置し、国道４号線とみちのく有料道路に挟まれた丘陵地に農場があります。

上北農場は、昭和２２年に上北馬鈴薯原原種農場として青森県六カ所村に設立したが、むつ小川原総合開発によって昭和５７年現在地に移転しました。

現在の業務は、ばれいしょ原原種の生産・配布、りんごを主とした遺伝資源の保存及び増殖を行っています。また、品種保護Ｇメンを置いて育成者権侵害に対する相談・支援を行っています。

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　群馬県の北西部、長野県と境をなし、浅間山麓の北側、標高１２００−１３００ｍに位置します。周辺ではキャベツの栽培が盛んです。 月平均の最高気温は２５℃以下でばれいしょ栽培に適した冷涼な気候ですが、降水量、降雨日が多く、日照が不足するため栽培管理、適期 収穫には気を配りながら健全無病なばれいしょ原原種生産、配布を行うとともに、遺伝資源の保存、維持ならびに新しい技術の導入・開発 を目ざした調査研究に努めています。

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八岳農場は、昭和２２年に農林省八岳馬鈴薯原原種農場として設立され、昭和６１年１２月の種苗管理センター設立に伴い、種苗管理センター八岳農場となりました。

環境は、標高１，３５０mで西向きに平均５度の緩やかな傾斜をなし、年平均気温７．１℃、年降水量１，３００mm程度と内陸高冷地の様相を呈する冷涼・乾燥地で、 年日照時間は２，０００時間以上と豊富な日射量に恵まれています。

現在の主な事業は、栽培試験（寒冷地植物を主体）、植物遺伝資源の保存及び増殖等を行っているほか、２１年度より品種保護Ｇメンを置いて育成者権侵害に対する相談・支援を行っています。

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岡山県の南西部、広島との県境の笠岡湾干拓地に平成15年4月新しく建設されました。瀬戸内の温暖で豊富な日照を生かして年間500品種以上の栽培試験を行うほか、 近畿・中四国を担当エリアとする種苗検査や遺伝資源の保存業務を行っています。また、品種保護Ｇメンを置いて育成者権侵害に対する相談・支援を行っています。

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昭和３５年に暖地二期作地帯向けばれいしょ原原種の配布を目的として設立されました。島原半島の北側斜面にあり、眼下に有明海を望み、南側には雲仙岳が聳えています。 現在は、栽培試験・種苗生産（ばれいしょ）・遺伝資源の業務のほか、品種保護Ｇメンを置いて育成者権侵害に対する相談・支援を行っています。

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鹿児島農場は、昭和４０年１０月に「さとうきび原原種農場」として設立され、その後、５３年７月に「鹿児島さとうきび原原種農場」に改称されました。 更に６１年１２月には種苗管理センター発足に伴い現在の「種苗管理センター鹿児島農場」となりました。

業務については、鹿児島県で栽培されているさとうきびの原原種の生産・配布、かんしょ、さとうきび、 かんきつ類及びびわの植物遺伝資源の保存・増殖を中心に実施しています。その他、さとうきびの種苗生産に係る調査研究を行っています。

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沖縄農場は、1978年（昭和53年）に南西諸島の基幹作物であるさとうきびの安定生産と品質の向上を図るため、元種となる優良な原原種の生産・配布を主な目的として設置されました。 育種機関で育成された優良品種を農場へ導入し、無病化したあと、各種の検査を行いながら病気にかからないように増殖して、主に沖縄県内に配布しています。 また、国の農林水産省ジーンバンク事業の一環として、さとうきびやパインアップルなどの熱帯・亜熱帯性植物の保存を行っています。 さらに、これら業務の効率的推進に必要な技術の高度化及び新技術の導入を図るための調査研究を実施しています。また、品種保護Ｇメンを置いて育成者権侵害に対する相談・支援を行っています。

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