種苗法では、植物の新品種を育成した者の権利を保護し、品種の育成を振興するため、品種登録制度が設けられていますが、センターでは、この制度の根幹である出願品種が新品種であるかどうかを判定する ための栽培試験（区別性・均一性・安定性）を行っています。

「知的財産立国」を目指す政府全体の取組が進められる中、当センターでは、平成１７年４月１日から品種保護Ｇメンを設置し、発足当初全国２ヶ所４名体制から、 平成２３年４月１日現在では全国７ヶ所（本所、西日本、北海道中央、上北、八岳、雲仙、沖縄農場）２０名体制と配置場所を拡大して全国的に機動的な対応を行っています。

また、平成２３年度からは新たに制定された「地域資源を活用した農林漁業者等による新事業の創出等及び地域の農林水産物の利用促進に関する法律 （６次産業化法）Ｈ23.3施行」に伴い、これまでの「品種保護対策相談窓口」を「品種保護活用相談窓口」に改め、品種の活用に関する相談等にも対応することとし、地域資源を活かした新たな産業の創出等を支援していきます。

種苗法では、特に重要な作物の種類を指定し、その種苗を販売するときに所定の事項を表示させるとともに、野菜種子の生産等に関して守るべき基準を定めています。

種苗管理センターでは、農林水産大臣の指示により指定種苗の表示検査・種子の品質検査（発芽率検査、品種純度検査、種子伝染性病害検査、遺伝子組換え技術によっ て得られた作物の種子検査）等を行い、種苗の適正な流通が行われるよう助言するとともに、ISTA（国際種子検査協会）の承認機関として種苗業者等の依頼に応じ種子の品 質証明書の発行、EC向け輸出野菜種子の公的管理（輸出野菜種子の記録類検査、品種純度検査）を行っています。

また、遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（カルタヘナ法）に基づく遺伝子組換え種苗の流通管理を行っています。

平成２３年度には依頼に応じて行う、種苗の生産履歴の証明を開始しました。

ばれいしょ、さとうきびは、重要な畑作物ですが、種苗増殖率が低いうえ、ウイルス病、細菌病等の病害が種苗により伝染して大きな被害をもたらしやすい性質を持っています。 センターでは、種苗増殖の最も基礎となる健全無病なばれいしょ及びさとうきびの原原種の生産・配布を行っています。

センターの行う業務の高度化、効率化を図るためには、新しい技術を逐次導入していくことが必要であることから、当センターでは、 試験研究機関や大学等と協力して、新しい技術の開発、応用、実用化について、調査研究を実施しています。

農業や食品産業の今後の発展のためには、バイオテクノロジーなどの先端技術の開発を積極的に推進することが不可欠であるとともに、その基盤となる生物遺伝資源の多様性の確保が重要な課題です。 センターは、これら貴重な遺伝資源の収集、保存を目的とするジーンバンク事業のサブバンクとして位置づけられ、主として栄養繁殖性の植物であるいも類、果樹類、野菜類、茶、特用作物等を担当し、 次代の品種育成の素材となる遺伝資源の保存、増殖及び特性調査を実施しています。また、センターバンク（農業生物資源研究所）で保存する貴重な種子が経年により失われることを防ぐため、それら の補充・更新のための種子の発芽率調査や再増殖も行っています。